Ambos impiden que la gente vea tu etiqueta electrónica, pero son muy diferentes:

• Despublicar — oculta la etiqueta electrónica y la devuelve al estado de borrador. El código QR sigue existiendo; simplemente no mostrará la etiqueta electrónica hasta que la vuelvas a publicar. Esto es reversible — úsalo cuando quieras ocultar una etiqueta temporalmente.
• Borrar — elimina permanentemente la etiqueta electrónica y su código QR. El código QR deja de funcionar al ser escaneado, y esto no se puede deshacer.

En caso de duda, despublica. Solo elimina las etiquetas que estés seguro de que nunca volverás a necesitar. (Debes despublicar una etiqueta antes de poder eliminarla.)